وتقوم الوكالة بالعديد من المهام من خلال كوادر وطنيّة مؤهلة ومدربة لمتابعة سير عمليات الأمن والسلامة وحماية الممتلكات والأفراد ومتابعة أنظمة المرافق العامة، وذلك بالكشف المبكر عن جميع المخاطر، وفاعلية أنظمة الإطفاء، ومتابعة الصيانة الدورية لصناديق إطفاء الحريق وأجهزة الإنذار بالمسجد الحرام، والتأكد من سلامة طرق المشاة وإزالة جميع ما يعيق حركة ضيوف الرحمن خلال أداء مناسكهم من عقبات، وتطبيق خطة تقلبات حالة الطقس، وتهيئة مداخل وممرات المسجد الحرام.

 وأبانت الوكالة ان عمليات التنظيم تساعد في تنظيم دخول قاصدي المسجد الحرام عبر السلالم الكهربائية والتنسيق مع العمليات بتوجيه المصلين إلى الأدوار العلوية والحجاج حسب خطة الهيئة المعتمدة، وتعمل على عدم الجلوس في الممرات ‏المؤدية إلى صحن الطواف أو السعي ‏وعدم الجلوس المسارات المؤدية إلى المسعى، وتوجيه الحجاج إلى المصلى المخصص لسنة الطواف، وكذلك تنظيم مصلى الجنائز واستقبال ذوي الجنائز وترتيبهم في المصلى، ‏والتأكيد عليهم باتباع الإجراءات الصحية، والعمل على تنظيم دخول وخروج زوار مكتبة المسجد الحرام، والحفاظ على ممتلكات المعارض والمتاحف داخل المسجد الحرام وتنظيم عملية الزيارات لها، إضافة إلى تنظيم الدخول لمواقف السيارات الخاصة بالرئاسة، والمحافظة على الممتلكات في كافة المواقع، وإعداد تقارير دورية شاملة عن الملاحظات المرصودة بشكل دوري لتجويد مخرجات أعمال الوكالة، إضافة إلى تهيئة أكثر من (15) مراقباً أمنياً يتحدثون لغات أجنبية مختلفة، ما بين اللغة الصينية، واللغة السيريلانكية، واللغة الأوردية، واللغة الهوساوية، واللغة .الفارسية، واللغة الإنجليزية. واللغة التركية